คณะกรรมการสืบสวนข้อเท็จจริง และคณะกรรมการสอบสวนทางวินัย มีข้อแตกต่าง กล่าวคือ

คณะกรรมการสืบสวนข้อเท็จจริง เป็นคณะกรรมการฯ ที่ผู้บังคับบัญชาซึ่งมีอำนาจสั่งบรรจุตามมาตรา 57 แห่งพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการพลเรือน พ.ศ. 2551 แต่งตั้งให้มีหน้าที่ในการแสวงหาข้อเท็จจริงและพยายนหลักฐานในเบื้องต้นเพื่อใช้ประกอบการพิจารณาว่าเรื่องที่กล่าวหา หรือกรณีเป็นที่สงสัย นั้นมีมูลที่ควรกล่าวหาว่ากระทำผิดวินัยหรือไม่ ซึ่งเป็นไปตามนัยมาตรา 91 แห่งพระราชบัญญัติฉบับเดียวกัน

ส่วนคณะกรรมการสอบสวนวินัย เป็นกรณีที่ผู้บังคับบัญชาผู้มีอำนาจสั่งบรรจุฯ พิจารณาแล้วเห็นว่า กรณีมีมูลที่ควรกล่าวหาว่าข้าราชการพลเรือนสามัญกระทำผิดวินัยอันเป็นความผิดวินัยอย่างไม่ร้ายแรง ตามมาตรา 95 หรือความผิดวินัยอย่างร้ายแรง ตามมาตรา 93 แห่งพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการพลเรือน พ.ศ. 2551 ซึ่งการดำเนินการของคณะกรรมการสอบสวนทางวินัยจะต้องดำเนินการตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และระยะเวลาเกี่ยวกับการดำเนินการทางวินัยให้เป็นไปตามที่กำหนดในกฎ ก.พ. ว่าด้วยการดำเนินการทางวินัย พ.ศ. 2556